Aykut Kocaman 2009'da sportif direktör olarak başladığı, son 3 sezonda da teknik direktör olarak görev aldığı Fenerbahçe'de 1 lig, 2 Türkiye Kupası şampiyonluğu yaşadı. Üst üste 2 sezon Şampiyonlar Ligi'ne kalınamasa da takımı bu sezon UEFA Avrupa Ligi'nde yarı finale taşıyarak tarihe geçti. İstanbulspor, Malatyaspor, Konyaspor ve Ankaraspor maceralarının ardından Aykut Kocaman için ikinci Fenerbahçe günleri 2009'da başladı. Futbolculuk kariyerinde unutulmaz başarılara imza attığı kulübe ikinci dönüşündeki ilk görevi sportif direktörlüktü. Yönetim, Kocaman'ı teknik direktör Christoph Daum'un üstünde, futbolun patronu olarak atadı. Son maçta Trabzonspor'la berabere kalınarak travmatik bir şekilde kaçan şampiyonluğun ardından Daum'la yollar ayrılınca, Aykut Kocaman bu kez sahaya indi. 2010-2011 sezonu Kocaman ve ekibi için kötü başlasa da ikinci yarıdan itibaren yakalanan müthiş grafik sezon sonunda sarı-lacivertlileri şampiyonluğa taşıdı. Kocaman ilk sezonunda Fenerbahçe'yi şampiyon yapan ikinci Türk teknik adam olarak tarihe geçmişti bile. Hem genç teknik direktör hem de Fenerbahçe için kritik dönemeç 3 Temmuz'du. Şike soruşturmasıyla sarsılan kulübü ayakta tutan isimlerin başında geliyordu. Dağılan takımdan yeni bir takım yaratırken, genel kanının aksine saha içine de sıkı sıkıya sarıldı. Üst üste ikinci şampiyonluk son maçta yine Kadıköy'de kaçmıştı. Şampiyonluk kupasını ezeli rakibi Galatasaray'a verse de, sezon yine de kupayla tamamlandı. 29 yıllık hasrete son vermek de yine ona nasip oldu. Bursaspor'u finalde farklı yenen Fenerbahçe 1983'ten sonra Türkiye Kupası'nı müzesine götürdü. Başkan Aziz Yıldırım'ın da cezaevinden çıkmasıyla yeni sezona yeni transferlerle, yeni başarılara imza atmak için çıktı Fenerbahçe. Ancak ilk sezonunda olduğu gibi 2012-2013'e de Avrupa Kupaları'ndaki hüsranla başladı. Spartak Moskova'ye elenilerek kaçan Şampiyonlar Ligi bileti, lige de yansıdı. Üst üste alınan kötü sonuçlar sonrası ilk kriz patlak verdi. Aykut Kocaman'ın Alex De Souza ile uzun süredir yaşadığı sorunlar gün yüzüne çıktı. Kasımpaşa yenilgisi sonrası Kocaman, 10 numarasını kadro dışı bıraktı. Başkan Aziz Yıldırım hocasına sahip çıktı ve Brezilyalı yıldızla sözleşmeyi karşılıklı feshetti. Ancak hem saha sonuçları hem de Alex'le yolların ayrılması her puan kaybı sonrası, taraftarın oklarını Kocaman ve yönetime yöneltmesine neden oldu. Bardağı taşıran son damla ilk yarının son haftasında Karabükspor ile oynanan maçta alınan 3-1'lik yenilgi oldu. Atlatılan onca badirede "Sen bizim Kocaman gurumuzsun" tezahüratları, 3-1'lik mağlubiyet sonrası "istifa" tezahüratlarına meyillenince, Aykut Kocaman da "pes" dedi. Ancak Kocaman'ın istifası yönetim tarafından kabul görmedi. Başta futbolcular ve başkan Aziz Yıldırım'ın yoğun baskıları sonucunda Kocaman yeniden samandırada takımının başında sahaya çıktı. Ligde ikinci yarının başlamasıyla Fenerbahçe'de kötü günler geride bırakıldı ve sarı-lacivertliler Avrupa’da tarihinin en parlak günlerini yaşadı. Şampiyonluk yarışında lider Galatasaray'ın gerisinde kalsada mücadeleyi bırakmayan Fenerbahçe Avrupa Ligi’nde yoluna hız kesmeden devam etti. Gruptan lider olarak çıkan sarı-lacivertliler BATE,Viktoria Plzen ve Lazio'yu eleyerek tarihinde ilk kez yarı finale kaldı. Ziraat Türkiye Kupası’nda da finale yükselmeyi başaran Aykut Kocaman ve öğrencileri sezonu 3 kupayla kapatmanın hesaplarını yapıyordu. Ancak ligde Gençlerbirliği yenilgisi sonrası şampiyonluk ümitlerini mucizelere bırakan Fenerbahçe Avrupa Ligi’nde yarı final ilk maçında Benfica'yı Kadıköy'de 1-0 mağlup ederek Amsterdam'da oynanacak finale göz kırpmıştı.Ancak deplasmandaki 3-1'lik mağlubiyet sarı-lacivertliler Avrupa macerasını sona erdirdi. Galatasaray'ın ligde bitime 3 hafta kala şampiyonluğunu ilan etmesinin ardından Fenerbahçe Ziraat Türkiye Kupasına sarıldı. Finalde Trabzonspor'u 1-0 mağlup eden Fenerbahçe üst üste 2. kez kupayı müzesine götürdü. Sezonun tamamlanmasının ardından Aykut Kocaman'dan gelen istifa haberi camiada şok etkisi yarattı. Kocaman istifasının ardından bütün sezonu dinlenmeye ve ailesine ayırdı...