İtalya'nın Lazio ekibinden 2011-2012 sezonu başında Lorik Cana ve 6,75 milyon Euro karşılığında transfer edilen Fernando Muslera'yı, Galatasaray 19 Temmuz 2011'de duyurdu.
Muslera, havaalanındaki ilk röportajında, "Taraftarlara çok teşekkür ediyorum ilgileri için ve beni sıcak karşılamalarından dolayı. Şundan emin olabilirler, sahada yüzde yüzümü vereceğim. Kazanmak için, ailemi, takım arkadaşlarımı, kendimi ve taraftarlarımızı mutlu etmek için her şeyimi vereceğim'' dedi.
Tecrübeli eldiven, Süper Lig'deki ilk sezonunda Fenerbahçe ile deplasmanda 0-0 kalarak sezonu şampiyon tamamlayan Galatasaray'ın önemli isimleri arasında yer aldı.
Fernando Muslera, Galatasaray'daki kariyerinde gösterdiği performanslarla takımının elini en çok güçlendiren oyuncu oldu. Geldiği ilk sezon "elleri küçük" diye eleştirilen Uruguaylı golcünün önderliğinde Aslan, 14 kupa zamandı. Bu süreçte 5 Lig şampiyonluğu elde eden Galatasaray, 5 Türkiye Süper Kupası ve 4 Türkiye Kupası'nda da adını kazanan tarafa yazdırdı. Uruguaylı ayrıca takımının tarihinde en çok kupa kazanan yabancı oyuncu oldu.
Ligde önemli başarılara imza atan Fernando Muslera, takımıyla Şampiyonlar Ligi'nde de özel zamanlar yaşadı. Muslera, Galatasaray'da ikinci sezonunda Şampiyonlar Ligi çeyrek finaline çıkmış, İspanyol devi Real Madrid'e elenmişti. 2013-2014 sezonunda da Şampiyonlar Ligi'ne katılan Galatasaray, son 16'da Chelsea'ye elendi.
Galatasaray'da bir çok başarılara imza atan Fernando Muslera'nın kariyerinde bir de gol bulunuyor. Takımdaki ilk sezonunda Süper Lig'de karşılaştığı Manisaspor deplasmanında penaltı kazanan Galatasaray'da Muslera topun başına geçti ve kariyerinin ilk ve tek golünü kaydetti.
34 yaşındaki kaleci, Galatasaray efsaneleri arasında Kadıköy galibiyeti gören sayılı oyunculardan. Wesley Sneijder, Didier Drogba, Bafetimbi Gomis gibi Sarı-Kırmızılılar'da bir dönem oynayan isimler Fenerbahçe'nin evinde galibiyet görememişti.
Fernando Muslera, kariyerinin en uzun sakatlığını da efsaneleştiği takımda yaşadı. 2019-2020 sezonunda deplasmanda Çaykur Rizespor'la karşılaşan Galatasaray'da Muslera bacağına aldığı darbe sonucu sakatlandı. Uruguaylı eldiven 7 ay sahalardan uzak kaldı. Bu sezon Denizlispor maçında dönen file bekçisi, Galatasaray'da toplam 374 maça çıktı, 128 maçta kalesini gole kapattı.