Guardiola, 2013-14 başında geçtiği Bayern Münih'i üstüste iki yıl Almanya Ligi şampiyonluğuna taşıyıp, Bavyera ekibiyle 2014'te de Lig Kupası zaferine imza attı. Bunlara karşın Alman devinin Şampiyonlar Ligi şampiyonluğu beklentisini karşılayamadı ve iki sezonda da yarı finalde veda etti. Alman Kicker gazetesi Guardiola'nın, Bayern'in efsane dokturu Hans-Wilhelm Müller Wohlfahrt'la birlikte diğer üç sağlık ekibiyle anlaşamadığını öne sürdü ve ayrılıkta bunun etkili olabileceğini savundu.
Alman ZDF televizyonu ise Guardiola'nın, gelecek sezon Manchester City'nin başına geçeceğini duyurdu. Uzun süredir ismi City ile anılan Guardiola'nın, İngiliz ekibinin futbol direktörü Txiki Begiristain ile daha önce Barcelona'da birlikte çalıştığı ve başarılı bir dönem geçirdiklerine vurgu yapılırken, ikilinin birlikte çalışmasının Guardiola'nın kararında büyük etken olduğu kaydedildi.