Federasyonun internet sitesinde yer alan açıklamada, Ali Koç'un ifadelerine cevap verme zorunluluğu doğduğu vurgulanarak, "Federasyonumuz her kulübe eşit mesafededir ve Fenerbahçe camiası Türk futbolu için vazgeçilmez bir değerdir. Sayın Koç'un federasyonumuza yönelik, 'Nefret', 'Tehdit', 'Husumet' ve 'Uğraşma' gibi söylemlerinin spor kültüründe asla yeri yoktur. Bizzat TFF yöneticilerimiz, MHK Başkanı'mız ve üyeleri ile hakemlerimizin yetkinliklerine ve kişilik haklarına saldırı mahiyetindeki, MHK Başkanı'nın şahsına ve temsil ettiği kuruma yönelik, küçük düşürücü söylemleri için gerekli inceleme yapılacaktır." denildi.
Kulüpler, başkanlar ve yöneticilerin her türlü öneri ile eleştirilerine açık olunduğu aktarılarak, "Kurumumuzun onurlu tarihi ve saygınlığını hedef alan açıklamaları kabul etmemiz mümkün değildir. Sayın Ali Koç'un, daha çok mesnetsiz ve kurgu ürünü sosyal medya malzemelerini içeren, TFF kurumu, yöneticileri, MHK ve görevlileriyle ilgili küçük düşürücü söylemleri, her şeyden önce temsil ettiği başkanlık sorumluluğuna yakışmamıştır." değerlendirmesinde bulunuldu.
Ali Koç'un hakem atamalarına yönelik olumsuz eleştirilerinin gerçeği yansıtmadığı ve kaos ortamı oluşturduğu savunularak, şu ifadeler kullanıldı:
"Klasman belirlemenin kurumun bir tasarrufu olduğunun unutulmaması gerektiği ve yapılan olumsuz eleştirilerin, hakemliğe katkısı olmayacağı gibi, sadece hakemlerimiz üzerinde baskı yaratacağı kesindir. Adil ve seyir zevki olan Futbol isteyen tüm paydaşlarımızın bu konuya dikkatini çekmek isteriz. Sistem değişikliğini savunanların, öncelikle hakemlik kurumundaki sistemsel değişikliklere de saygı duyması beklenir. 'Yabancı hakem gelsin.' gibi bir düşünceye kesinlikle katılmıyor ve bu türden önerileri kabul edilemez buluyoruz. Federasyonumuz ve MHK'yi suçlarken, 'Haklılar ama şeklen yanlış.', 'El birliğiyle bu hale getirdik.', 'Hakem hataları var ama şanssızlıklar yaşadık.' gibi itirafları da kamuoyunun takdirine sunuyoruz. Futbolun tüm paydaşlarını da ayrıştırmaya değil birleştirmeye çağırıyoruz."