2003-2004 Şampiyonlar Ligi sezonu, turnuva tarihinin en ilginç mecaralarından birine sahne oldu. Bir önceki sezon UEFA Kupası'nı kaldıran Porto, hemen ertesinde Jose Mourinho beraber Şampiyonlar Ligi'ni de kazanarak adını tarihe yazdı.
Grubunda Real Madrid, Marsilya ve Partizan bulunan Porto, önce deplasmanda Parzitan ile 1-1 berabere kaldı, ardından sahasında Real Madrid'e 3-1 yenildi. Bu aşamada, kimse Porto'dan finale çıkma gibi bir başarı beklemiyordu ancak Jose Mourinho ve ekibi, herkesi yanılttı. 11 puan toplayan Porto, 14 puanlı Real Madrid'in ardından ikinci sırada yer alarak bir sonraki turda Manchester United ile eşleşti.
Dragao'da ManU'yu konuk eden Porto, 'Sir' Alex Ferguson yönetimindeki rakibi karşısında 2-1 kazandı. Deplasmanda gol atan ManU'nun tur atlayacağına kesin gözle bakılırken Old Trafford'daki ikinci maç 1-1 bitti ve çeyrek final biletini alan taraf Porto oldu. Bu eşleşmeden sonra son UEFA Kupası şampiyonu Porto, ciddiye alınmaya başlandı ve 'acaba'lar dile getirildi...
Çeyrek finalde Lyon ile eşleşen Porto, evindeki ilk maçı Deco ve Carvalho'nun golleriyle 2-0 kazandı. Lyon, ikinci maçta evinde oldukça sağlam mücadele etti ancak Maniche, attığı 2 golle Fransızların umutlarını bitirdi. Bu, Porto için yarı final anlamına geliyordu.
Çeyrek finalde Milan, Real Madrid ve Arsenal gibi devler turnuvaya veda etmişti. Porto'nun yarı finaldeki rakibi ise flaş bir şekilde Deportivo oldu. Deportivo, 4-1 kaybettiği eşleşmenin rövanşında Milan'ı evinde 4-0 yenmişti. 2003-2004 Şampiyonlar Ligi sezonu, bu bağlamda büyük sürprizlere sahne olmaya devam ediyordu. İlk maçta Porto, Deportvo ile evinde 0-0 berabere kaldı. Mourinho'nun öğrencileri, İspanya'da oynanan maçta Derleri'nin 60. dakikada attığı golle final biletini aldı. Diğer tarafta ise Monaco, Chelsea karşısında Stamford Bridge'de tarih yazıp final biletini alıyordu. Kimsenin beklemediği bir Porto - Monaco finali olacaktı...
Porto için final, bu yola gelene kadar belki de en kolay ve isteklerini en düzenli şekilde yerine getirebildiği maç oldu. Buraya kadar gelebilen Monaco, süphesiz bunu beklemiyordu. Porto'yu şampiyonluğa getiren golleri 39'da Carlos Alberto, 71'de Deco, 75'te ise Alenichev attı. Jose Mourinho, UEFA Kupası'nın ardından Şampiyonlar Ligi şampiyonluğuna da uluaşmış ve iki kupa ile tarih yazmıştı.
Jose Mourinho, hemen ertesi sezon yeni hikayeler yazmak için İngiltere'de Chelsea'nin yolunu tuttu. Yanında giderken Pereira ve Carvalho gibi dinamoları da götürdü. Porto ise sonraki sezonlarda benzer bir Şampiyonlar Ligi ivmesi yakalayamadı. Mourinho, ilerleyen yıllarda Chelsea ile 3 Premier Lig, Inter ile 1 Şampiyonlar Ligi ve 2 Serie A, Real Madrid ile La Liga şampiyonlukları yaşadı.